Öruggasta leiðin til að losa sig við gömul lyf og lyf sem er ekki lengur þörf fyrir er að skila þeim í apótek til eyðingar. Apótek skulu taka við lyfjum frá sjúklingum án endurgjalds og koma til eyðingar, enda sé um að ræða lyf sem afgreidd hafa verið í apóteki.
Ekki má henda lyfjum í rusl, vask eða klósett vegna umhverfisáhrifa. Sprautum og sprautunálum er skilað í apótek í lokuðum ílátum til að koma í veg fyrir að starfsfólk skaði sig á oddhvössum hlutum. Hægt er að fá sérstök nálabox í apótekum.
Viðskiptavinir apóteka kvarta stundum yfir því að þeir fái ekki endurgreidd lyf sem þeir þurfa ekki að nota og skila til lyfjabúða. Apóteki er ekki heimilt að selja öðrum þau lyf sem skilað er jafnvel þótt um óáteknar lyfjapakkningar sé að ræða og fyrningartími lyfjanna sé ekki útrunninn. Apótekum ber að tryggja að þau lyf sem sjúklingar fá afgreidd hafi verið meðhöndluð og geymd á réttan hátt þannig að gæði þeirra séu tryggð. Ekki er hægt að tryggja gæðin ef lyfið hefur farið út úr apóteki með viðskiptavini, þ.e. út fyrir ábyrgðarsvæði apóteksins.