Samstarfið nær m.a. til útgáfu markaðsleyfa, skráningu aukaverkana, og eftirlits með fyrirtækjum og stofnunum sem sýsla með lyf. Samstarfið nær einnig til upplýsingakerfa og hafa margvíslegir samevrópskir gagnagrunnar og tölvukerfi á sviði lyfjamála verið þróaðir eða eru í þróun. Þetta samstarf hefur m.a. haft í för með sér að starfsmenn Lyfjastofnunar taka þátt og leysa verkefni í sérfræðinganefndum bæði á vegum EMA, framkvæmdastjórnar Evrópusambandsins og forstjóra lyfjastofnana Evrópska efnahagssvæðisins, HMA (Heads of Medicines Agencies).
Lyfjastofnun tekur virkan þátt í starfi Evrópsku lyfjaskrárnefndarinnar á vegum Evrópuráðsins í Strassborg (Ph.Eur.) og samstarfi lyfjaeftirlitsmanna Pharmaceutical Inspection Cooperation Scheme, PIC/S.