Lyfjastofnun tók formlega til starfa 1. nóvember 2000 og er því tuttugu ára nk. sunnudag. Þessum tímamótum er fagnað með því að taka í notkun nýjan vef stofnunarinnar sem fór í loftið í morgun. Nýi vefurinn er með talsvert breyttu sniði frá því sem áður var, en til grundvallar hönnun hans var unnin þarfagreining sem m.a. byggði á könnun og samtölum við hagsmunaaðila.
Lyfjastofnun varð til við sameiningu lyfjanefndar ríkisins og lyfjaeftirlits ríkisins sem störfuðu á árunum 1963 til loka október 2000. Starfsemi stofnunarinnar hefur tekið miklum breytingum á þessum tíma, en þar eru nú fjögur svið auk skrifstofu forstjóra, níu undirdeildir og starfsmenn eru 73. Rúm 80% þeirra eru með háskólamenntun, og þess má geta að starfsmennirnir eru af sex þjóðernum. –Forstjóri Lyfjastofnunar er Rúna Hauksdóttir Hvannberg.